进入秋季养殖户在做好秋防工作的同时，应加强鸡舍的日常管理，做好消毒工作是确保鸡群健康的一项重要措施。消毒的主要目的是减少鸡舍内病原微生物的数量，将细菌和病毒等病源微生物的数量控制在鸡群致病数之内。养殖户对消毒存在很多误区总结如下：
消毒的主要目的是杀灭传染源的病原体。传染病发生的基本条件：传染源、传播途径和易感动物。在养殖中有时没有看到疫病发生，但外界环境已存在传染源，传染源会排出病原体。如果此时没有采取严密的消毒措施，病原体就会通过空气、饲料、饮水等传播途径，入侵易感鸡群，引起疫病发生。
这是错误的想法。这是由于虽然经过消毒，但并不一定就能做到彻底杀灭病原体的效果，这和选用的消毒剂及消毒方式等因素相关。有许多消毒方法存在着消毒盲区，况且许多病原体都可以通过空气、飞禽、老鼠等多种传播媒介进行传播，即使采取严密的消毒措施，也很难全部切断传播途径。因此，家禽养殖除了进行严密的消毒外，还要结合养殖情况及疫病发生和流行规律，有针对性地进行免疫接种，以确保家禽安全。
一般消毒剂在消毒时环境的温度越高消毒能力越强。所以，大多数养殖场喜欢选择中午消毒。但有些消毒剂在温度高的情况下会使有效成分发生分解消毒能力反而减弱。
消毒剂效果的好坏，不简单地取决于气味。有许多好的消毒剂，根本没有什么气味，但其消毒效果却特别好。因此，选择和使用消毒剂不要看气味浓淡，而要看其消毒效果。
长期单一使用同一种类的消毒剂，会使细菌、病毒等产生耐药性，给以后杀灭细菌、病毒增加难度。因此，家禽养殖户最好是将几种不同类型、种类的消毒剂交替使用，以提高消毒效果。
养殖场使用的消毒药的浓度调配应运用科学合理的办法，并非消毒液浓度高更有利于清洁消毒工作。浓度过高会造成药水残留，养殖人员应严格控制合理的消毒药浓度调配。
养殖人员在养殖工作中的消毒没有标准化的消毒流程，使其忽略消毒工作在养殖中的重要性，没有科学、规范的消毒方法，使养殖环境的消毒程度和效果不足，影响养殖工作的效率。
在空舍消毒前应进行全面彻底的清扫工作已成为养殖场防疫中的基本常识。但是很多养殖户对鸡舍地面、墙壁和房顶等处的粪便、灰尘、蜘蛛网、饲料残渣等杂物没有进行彻底清扫就消毒，很容易成为各种病原长期存活滋生的源头，给养殖场带来疫病发生的风险。